mph-get自身ではデータベースファイルをキャッシュしないので、proxy経由ならokかなと思い設定しようとしました。
mph-getはncftpgetを使うので、ncftpと同じ設定が使えるはずです。事実、$HOME(root)/.ncftp/firewallで設定をするのですが、ncftpは、squidのようなhttpベースのproxyには未対応である旨がfirewallに記述されていて、断念です。
ところが、mph.confには、ftpサーバーの設定に、ncftpのコマンドも含めて設定するので、ncftpをwgetに変えたら見事OK。そして、.wgetrcでproxyの設定をするとproxyもOKです。