ここの続きです。server.xmlにて、HostのunpackWARsをfalseにし、ContextのdocBaseで直接.warを指定すれば問題ないです。security managerの設定が難しい場合は、/etc/default/tomcat4でnoにすればOK。/etc/init.d/tomcat4を編集しても/etc/default/tomcat4の設定が勝つので注意です。
/etc/init.d/tomcat4を見ても、結局、catalina.shを呼び出しているので違いはないはずなのですが、なんか動作が違います。tomcatを動かすユーザーかなぁ。