いろいろ設定し直したので、忘れないようにメモ。
defomaと x-ttcidfont-confでフォント（X ServerパートのX-TTでのフォントであって、クライアントアプリケーションパートのXft2ではない）を管理する。x-ttcidfont-confだと、Kochiのboldなどの設定も自動でやってくれるので吉。参考。
$JAVA_HOME/jre/lib/font.properties.jaを設定しなおす。ここにあるのを使えばOK。